İçerideki ve Dışarıdaki Bakteriler

Doğadaki bakteriler ve bağırsağın içinde bulunan bağırsak bakterilerinin büyük çoğunluğu, histidin amino asidinden histamin üretmek için gerekli histidin dekarboksilaz enzimini taşır. Bu bakteriler arasında süt ürünleri fermantasyonu ve turşu oluşumunda rol alan laktobasil ve pediokoklar ve şarap yapımında rol alan önökoklar önde yer alırlar. Bazı bakteri türleri de sentezlenen bu histamini kullanabilir. 

Vücudumuzun yüzeyinde ve içinde bizimle birlikte yaşayan mikroskobik canlılar (ve genleri) mikrobiyom olarak isimlendirilir; ağzımızdan anüse kadar tüm sindirim sistemimizde, vajinanın içinde, akciğerler ve solunum yolları ve cildimizin üstünde yerleşmiş bakteri, virüs ve diğer tek hücreli canlılardır. Bağırsak içinde yaşayan tüm canlılar bağırsak florası olarak da isimlendirilir. 

İçimizde bizimle birlikte bu canlıların insan vücudu için pek çok işlevi ve yararı vardır:

• Sindirilemeyen lif ve besin maddelerinin sindirimi
• Kısa zincirli yağ asitlerinin sentezi
• Bağırsak yüzeyini kaplayan ve koruyan müsin sentezine katkı
• B (B1,B2, B3, B5, B6, B12, biotin ve folik asit) ve K vitaminlerinin sentezi
• Biyojenik amin ile serotonin ve dopamin gibi nörotransmitterlerin sentezi
• Bazı ilaçların indirgenerek atılması
• Cıva başta olmak üzere pek çok ağır metalin bağlanması ve atılması
• Ksenobiyotik detoksifikasyonu
• Doğumsal ve edinsel bağışıklık sistemlerinin dengede işleyişinin sağlanması
• Kronik inflamasyon ve otoimmün hastalıklara karşı koruma 
• Vagus siniri yolu ile beyin bağırsak ekseni ve haberleşmede görev alırlar. 

Bağırsakta en çok bulunan bakteri kolları (filumları): Firmicutes, Bacteroidetes, Actinobacteria, Verrucomicrobia ve Proteobacteriadır. 

Firmicutes kolu Lactobacillus, Bacillus, Clostridium, Enterococcus ve Ruminococcus ailelerinden oluşur. Bifidobakteriler Actinobacteria, Akkermansia muciniphila ise Verrucamycobacteria kolundan gelir. 

Bakteriler, mayalar ve bitkiler vitamin sentezi yapabilirken, insan vitamin sentezleyemez, ya dışarıdan besinlerle alması ya da bağırsak bakterilerinin vitaminleri sentezlemesi gerekir. Suda eriyen B ve C vitamini gibi vitaminler (B12 vitamini hariç) vücutta depolanmadığı için düzenli olarak alınması veya sentezlenmesi gerekir. Besinlerle alınan B vitaminleri emilimi ince bağırsaklarda, bakteriyel vitamin sentezi kalın bağırsaklarda gerçekleşir. 

Besinlerle aldığımız liflerden bakteriler kısa zincirli yağ asidi sentezlerler. Kalın bağırsak hücresi kolonositler için bütirat en önemli enerji kaynağıdır, bütirat düzeyleri düşünce kolonositler aç kalır ve ölür. Bağırsak içinde en çok KZYA sentezleyen bakteriler firmicute ailesinde en çok Faecalibacterium prausnitzii, ardından Eubacterium rectale, roseburia ve ruminococcusdur. 

F. prausnitzii düzeylerinin düşmesi inflamatuar bağırsak mukozası değişikliklerinin ortaya çıkışını kolaylaştırır. Mukus tabakası incelince bakterilerin bağışıklık sistemi ile karşılaşma olasılığı artar. İnflamatuar bağırsak hastalıkları, IBS ve çölyak hastalığında Faecalibacterium düzeyleri düşüktür. Bu bakterilerin sentezlediği ve eskiyen mukus tabakasının da düzenli olarak temizlenmesi ve taze mukus glikoproteinlerine yer açılması gerekir; temizleme işinin baş görevlisi Akkermansia muciniphiladır. 

IBS’i olan hastalarda histamini sentezleyen ve kullanan bakterilerin sayısı ve bağırsak içi histamin düzeyleri yüksektir.

Histidin aminoasidinden en çok histamin sentezleyen bakteriler: Clostridiumlar, Enterobacterler, klebsiellalar, serratialar, Escherichialar ve Hafnia alveidir. 

Aynı aileden bile olsa bakterilerin histamin sentez miktarı değişebilir; Lactobacillus rhamnosus antiinflamatuar etki gösterirken, Lactobacillus saerimneri, diğer laktobasillere göre 100 kat daha fazla histamin sentezleyebilir. Lactobacillus plantarum ise hem histamin sentezlemez hem de diğer bakterilerin sentezlediği histamini tüketir. Lactobacillus paracasei ise mast hücrelerinin IgE antikorları ile uyarılmasını azaltarak alerjik bulgulara iyi gele

Astımı olan erişkinlerin bağırsaklarındaki bakteriler beklenenden fazla histamin sentezlerler.

Öte yandan Lactobacillus plantarum ortamdaki histamini metabolize edebilir. Hayvan çalışmalarında L plantarum takviyesi yapılan hayvanlarda hem alerji bulguları azalmış, hem de düzenleyici/ sakinleştirici T hücrelerinin sayısı artmıştır, beraberinde bifidobakterilerin sayısı ve bağırsak içi bakteri çeşitliliği artmıştır. 

Bağırsak sağlığı için önemli bakterilerden birisi Akkermansia muciniphila’dır. Bağırsak bakterilerinin dengesi veya sağlığı bozulduğunda ilk etkilenenlerden birisi olan bakteri, koruyucu mukus tabakasına olan katkısı dışında zararlı gram pozitif bakterileri öldüren bir antibakteriyel lektin (RegIIIgama) sentezler. Akkermansialar ayrıca bakteri lipopolşisakkartitlerinin zarar verici etkisini azaltırlar.

Böylelikle yeterli akkermansia düzeyleri, patojen bakterilerin çoğalmasına engel olur. Akkermansia ve Bifidobacterium ailesinden bakteriler kilolu ve metabolik sendromu olan hastalarda da düşüktür. Takviyesi, iştah azaltarak kilo vermeye yardımcı olabilir. Damardan veya ağızdan alınan antibiyotiklerin bağırsak florası başta olmak üzere tüm vücutta florayı olumsuz etkilediğini hepimiz biliyoruz artık. Antibiyotiklerin en çok etkilediği aile Bifidobakteriler. Bifidobakteriler hem kısa zincirli yağ asidi sentezi, hem de LPS taşıyan zararlı bakterileri yok etmek için bağırsak sağlığının olmazsa olmaz demirbaşlarından. 

Enfeksiyöz gastroenterit olan hastaların gaita tetkiklerinde üreyen bakteriler de normalden fazla histamin sentezlerler. 

Bacillus ailesinden basiller diamin oksidaz sentezleyip biyojenik amin düzeylerini azaltabilirler.

Aktinobekter ailesinden bifidobakteiler (B. Bifidum, B. Breve, B. Infantis, B. lactis, B. Longum) nişasta ve oligosakkaitleri kullanarak KZYA sentezlerler. KZYA bağırsak içi pH değerlerini düşürerek patojen bakterilerin yerleşmesi ve çoğalmasını engeller ve antiinflmatuar etkinlik gösterirler. Bifidobakterilerin hepsi, özellikle B longum folik asit sentezi yaparak metilasyona olumlu katkıda bulunur. Bifidobacterium infantis takviyesi IBS yakınmalarını belirgin olarak azaltır.Bifidobacterium bifidum G9-1 takviyesi IgE sentezini azaltıp, IgA sentezini artırarak alerjik yanıtların sakinleşmesine yardımcı olur.

Bağırsak bakterilerinin tüm bağışıklık yanıtlarında olumlu veya olumsuz etkileri olabilir. 

Atopik, alerjisi veya astımı olan hastaların, çölyak ve non çölyak gluten/ buğday hassasiyeti olan hastaların bağırsak bakterileri normalden farklıdır. İlerleyen bölümlerde ayrıntılarını bulabileceğiniz değişikliklerin başında bakteri çeşitliliğinde azalma ve kısa zincirli yağ asidi üreten bakterilerin sayısı ve çeşidinde azalma gelir. 

Histamin intoleransı, IBS ve çölyak hastalığı olan hastalarda Proteobacter ailesinden patojen bakteriler yüksek düzeyde bulunur. Bu ailede enterobakterler, pseudomonaslar, salmonella, sülfat ingirgeyen bakteriler (Desulfovibrio ve diğerleri), helikobakterler ve kampilobakterler bulunur. Proteobakteriler aynı zamanda gastroenterit sonrası IBS gelişiminden de sorumludur. 

Klostridyum sınıfından bakterileri genellikle antibiyotik sonrası ishal ile ilişkilendirmememize (burada etken C. difficile’dir) rağmen klostridyumlar dengeli bir bağışıklık sistemi için vazgeçilmezdir. Bağırsak epitel hücrelerinin üzerinde oturduğu lamina propriadaki sakinleştirici/ düzenleyici T hücresi sayılarını artırarak besinlere karşı oluşan aşırı duyarlılığın önüne geçebilirler. Bunun yanında mukus üretimine katkıda bulunur, mukus içindeki antimikrobiyal peptidlerin sentezini yapar, Bacteriodes cinsinden bakterilerle birlikte mukoza koruyucu IgA sentezini desteklerler. Son olarak da antiinflamatuar IL 22 sitokini sentezini sağlayarak yer fıstığı alerjisi olan hastalarda alerjik yanıtın kontrol alınmasını sağlar. 

Parasutterella cinsinden bakteriler bağırsakta DAO düzeylerini artırabilir.

Sülfat indirgeyen bakteriler (Bilophlia wadsworthii, desulfovibrio) özellikle hayvansal potienlerin içerisindeki kükürt moleküllerini hidrojen sülfite (H2S) indirgerler. Yüksek H2S düzeyleri hem bağırsak epilteline zarar verir, hem de enflamasyona yol açar.

---

Bağırsaklarda bakteri çeşitliliğini azaltan faktörler

Yetersiz sebze-meyve-tohum-kuruyemiş tüketimi

Fazla doymuş yağ tüketimi

Fazla kırmız et tüketimi

Batı tip beslenme

Sigara içmek

 Antibiyotik kullanımı

PPI kullanımı

NSAİ ağrıkesici kullanımı

 İleri yaş

Gıda katkı maddeleri

Hareketsizlik

 Doğada zaman geçirmemek

---

Yine ilerleyen bölümlerde sık karşılaşacağınız kısa zincirli yağ asitlerini (KZYA) de insan kendisi sentezleyemez, sindirilmeyen liflerden bakteriler sentezler. Sakin ve olur olmaz her şeye yanıt vermeyen bir bağışıklık sistemi ve beyin için KZYA elzemdir. Yokluğunda alerjilerden otizme uzanan bir spektrumda pek çok hastalık ortaya çıkar.

Annenin gebeliğinde yüksek miktarda galaktooligosakkarit ve inülin tüketmesi, bebeğin bağırsaklarında daha fazla çeşit bakteri olmasını sağlar. 

İnfantil koliği olan gazlı bebeklerin dışkılarında normalden fazla E. coli ve klebsiella bulunur. Bu bebeklere laktobasil vermek E. coli sayısını azaltarak gaz yakınmalarını azaltır. Kolikli bebeklerin ailelerinde atopik alerjik bireylerin olma olasılığı, kendilerinin de alerjik olma olasılığı yüksektir. 

Bazı bağırsak bakterileri sinir sisteminin sakinleştirici ve uykuya dalmayı kolaylaştıcı nörotransmitteri GABA biyosentezi yapabilirler. GABA sentezleyerek hem bağırsakları hem beyni sakinleştiren bakteriler: Bifidobakteriler, Lactobacillus brevis, L. plantarum ve L. paracaseidir. 

---

Bağırsaklarda azalmış çeşitlilik ile ilişkilendirilen hastalıklar

Fazla kilo/obezite, kilo verememe

İnsülin direnci/ tip II diyabet

Karaciğer yağlanması

IBS

Atopi

Alerjiler

Histamin intoleransı

İnflamatuar bağırsak hastalıkları

Alzheimer hastalığı

Parkinson hastalığı

Depresyon

Kaygı bozukluğu

B vitamini eksiklikleri

Çölyak hastalığı

Non çölyak gluten/ buğday hassasiyeti

Bağırsak kanserleri

---

Histamin intoleransı olan hastaların dışkısında, normale kıyasla Proteus, Morganella, Clostridium ve Enterococcus faecalis cinsi bakteriler yüksek, Bifidobakteriler ve F. Prausnitzii düzeyleri düşük bulunmuştur.  9 ay boyunca histaminden fakir beslenen hastalarda histamin sentezleyen Proteus (özellikle P. Mirabilis) ve Pseudomonas düzeyleri azalmış, Roseburia düzeyleri artmıştır.

Bağırsaktaki histaminin diğer önemli bir kaynağı besinlerdeki bakterilerin sentezlediği histamindir. 

Besinlerin histamin düzeyleri tazelik azaldıkça artar, bu nedenle bir besinin histamin düzeyi ne kadar yüksekse o denli bayat ve bozulmuştur. Bu özellikle siyah etli balıklar, temizlenmemiş balıklar ve ılıman/sıcak su balıkları için geçerlidir. Bazı histaminerjik bakteriler halofiliktir; yani tuzu severler ve yüksek tuz yoğunluklarında çoğalmaya devam edebilirler. Bu nedenle tuzlu, tuzlanmış veya tuzda saklanmış balık ürünleri özellikle problemli olabilir. 

Bir besinin PH’ı düştükçe yani asiditesi arttıkça içinde biyojenik amin sentezi o kadar fazla olur. 

Histamin sentezleme yeteneği en yüksek bakteriler: Morganella, Enterobacter, Lactobacillus, Oenococcus, Staphylococcus aileleridir. 

Fermente süt ürünleri ve turşularda yüksek düzeyde olan bakteriler: Lactobacillus casei, Lactobacillus bulgaricus, Streptococcus thermophilus ve Leuconostoc mesenteroides’ dir. Sirkede ise bunlara ek olarak Acetobacter ailesinden bakteriler bulunur. 

Laktobasiller histaminle birlikte diğer biyojenik aminleri, özellikle tiramini sentezleyebilir. Peynire bağlı zehirlenmelerin en önemli etkenlerinden birisi Lactobacillus buchneridir. Yoğurtta en çok histamin sentezleyen bakteri Streptococcus thermophilus, peynirde en çok tiramin sentezleyen bakteri Lactobacillus brevis’dir. 

Bacillus cinsinden basiller, Bacillus amyloliquefaciens ve Bacillus subtilis amin oksidaz aktivitesine sahiptir, biyojenik amin düzeylerini azaltmaya yardımcıdırlar. Bacillus subtilis aynı zanada ishal durdurcu etkiye de sahiptir. Aynı şekilde Lactobacillus casei histamin ve tiramini yıkabilir. Lactobacillus saki’nin dekarboksilaz enzimi olmadığı için histamin ve biyojenik amin sentezlemez.